Während die äußere Gliederung eine Struktur mithilfe von Kapiteln und Unterkapiteln herstellt, bezieht sich die "innere Struktur" auf die Ordnung innerhalb der einzelnen Kapitel. Hier liegt der Fokus auf dem sogenannten "roten Faden".

Dazu gehört einerseits, dass diese logische Reihenfolge den Lesenden klar kommuniziert wird (z.B. durch Absätze oder Leserführung). Andrerseits ist es wichtig, dass die Textbestandteile sinnvoll miteinander verbunden werden. Sinnvolle Verknüpfungen sind laut Brink (2007, S. 143) beispielsweise Über-, Gleich- und Unterordnungsbeziehungen, Gegensatzrelationen, Ursache-Wirkungs-Beziehungen, Zweck-Mittel-Beziehungen, Teil-Ganzes-Relationen oder Vorher-Nachher-Relationen. Zum Beispiel könnte man einen Forschungstand zum Konzept "Kundenzufriedenheit" sinnvoll strukturieren, indem man zunächst auf die Ursachen von Kundenzufriedenheit und dann auf die Wirkung von Kundenzufriedenheit eingeht.